После работы оператором в кино и на телевидении в качестве режиссера Кулиш проходил практику на съемках фильма Ромма Обыкновенный фашизм. И свою первую получасовую документальную картину он смонтировал из остатков фильма Ромма. Кулиш также писал сценарии: Фуэте (1986), мультфильм Дикие лебеди (1987), Трагедия в стиле рок (1988), Железный занавес (1994). В 1990 году снялся в фильме Евгения Евтушенко Похороны Сталина. В последнее время Кулиш работал над крупным проектом Сто фильмов о Москве.
С одной стороны, его принято называть шестидесятником. Но не только из-за романтической экранизации известной пьесы Алексея Арбузова Сказки... сказки... сказки старого Арбата. Для Кулиша шестидесятничество стало одной из магистральных тем. Пражская весна, события весны 1968 во Франции и Германии, волнения в Польше, студенческое антивоенное движение в США второй половины 1960-х, левый взрыв в Латинской Америке и советское диссидентство для него были явлениями одного порядка. С другой стороны, про Кулиша принято говорить как о режиссере, не укладывающемся ни в одни из привычных рамок: ни в традиционный для шестидесятников жанр киноповести, ни в надрывное перестроечное кино, ни в стилистику 1990-х.
Мертвый сезон, снятый в 1968 году, первый и едва ли не самый знаменитый фильм Кулиша, ставший его визитной карточкой и самым популярным политическим детективом советского времени. Основой для сюжета послужили подлинные события: герой картины, советский разведчик Ладейников, получает задание найти нацистского военного преступника доктора Хасса, работающего над секретным психологическим оружием - газом R-H. В Мертвом сезоне Кулиш ввел в отечественный кинематограф новый тип разведчика: вместо высокого, стройного красавца на экране появился обыкновенный усталый человек, выполняющий будничную работу. После роли разведчика Ладейникова об актере Донатасе Банионисе узнала вся страна.
Железный занавес, снятый в 1994 году, - предпоследняя работа режиссера. Реалистически-сюрреалистический фильм, который мог снять только шестидесятник, - сказал на премьере Евгений Евтушенко. В основе картины автобиография самого режиссера. Это история юноши Кости Савченко, вернувшегося вместе с родителями в Москву из эвакуации в канун 1947 года.
Судьба героя почти полностью повторяет послевоенную судьбу автора: коммуналка, дворовые мальчишки, раздельное образование в школе, денежная реформа 1947, поступление во ВГИК. Фильм воспринимался как попытка авторской исповеди.
