Лицензия отозвана в связи с неисполнением Межрегфинкомбанком федеральных законов, регулирующих банковскую деятельность, и нормативных актов Банка России, неоднократным нарушением в течение одного года требований закона «О противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма», а также учитывая неоднократное в течение одного года применение мер в порядке надзора.
ОАО «Межрегфинкомбанк» не направляло в Росфинмониторинг сведения об операциях, подлежащих обязательному контролю. Кроме того, кредитная организация не создавала адекватные резервы на возможные потери по ссудам.
Со второй половины июня по первую декаду июля 2009г. клиентами банка в пользу нерезидентов по сомнительным сделкам с услугами были переведены денежные средства в объеме около 2,9 млрд руб. Получателями денежных средств по таким сделкам являлись в основном оффшорные компании, являющиеся клиентами банков Украины, Кипра, Литвы. В этот же период банком были проведены операции, имеющие признаки обналичивания денежных средств, на сумму около 1,2 млрд руб.
В соответствии с приказом ЦБ РФ от 9 июля 2009г. в Межрегфинкомбанк назначена временная администрация сроком действия до назначения конкурсного управляющего либо ликвидатора. Полномочия исполнительных органов кредитной организации, в соответствии с федеральными законами, приостановлены.
ОАО «Межрегфинкомбанк» не является участником системы страхования банковских вкладов.