По просьбе представителей российских регионов, а также в связи с проведением 28-30 сентября 2006 года заключительного этапа Всероссийского интернет-марафона в Ханты-Мансийске, Нижневартовске, Сургуте прием заявок для участия в конкурсе продлен до 1 октября.
Награждение будет проходить по семи номинациях: Государство и общество, Культура и массовые коммуникации, Наука и образование, Экономика и бизнес, Здоровье и отдых, Технологии и инновации, Рунет за пределами .RU. Кроме того, существует т.н. Народное голосование, результаты которого высчитываются из голосов, поданных через сайт Премии Рунета, без вмешательства членов жюри.