Перепись микробов призвана решить две задачи.
Во-первых, это позволяет следить за влиянием, которое оказывает человек и окружающая среда (например, процесс глобального потепления) на микроскопическую жизнь. Во-вторых, потенциально будет возможным создать уникальный "бактериологический" портрет каждого населенного пункта США: с его помощью можно будет быстро обнаруживать появление микроорганизмов, не присущих этому городу, что может оказаться крайне полезным для предотвращения биологических атак и эпидемий.
Пробы воздуха были взяты в двух городах США - Сант-Антонио и Остин. При этом был использован принципиально новый метод учета микроорганизмов. Лаборатория Беркли подсчитывала оригинальные гены микроорганизмов с помощью новой технологии.