Прорыв может ускорить процесс доклинической разработки лекарств, считают исследователи под руководством профессора Ли Цзыцина из инженерной школы Университета Вестлейк. Часть их работы была опубликована в октябре в рецензируемом журнале Advanced Science.
Молекулы белка – строительные блоки организма – представляют собой длинные цепочки аминокислот. Трехмерная структура цепочек вызывает обратимые изменения в белке в зависимости от требуемой биологической функции, и эти альтернативные структуры называются конформациями.
Но, по словам Ли и его команды, их модель искусственного интеллекта ProtMD решает проблему ограниченности технологий в вопросе понимания конформации белка и точно прогнозирует, какие конформации будут формировать белки в различных физиологических условиях.
Алгоритм ProtMD рассчитывает движения белка на атомном уровне, генерируя данные на основе молекулярной динамики. ProtMD – более обобщенный, чем другие методы расчетов, но по уровню производительности, относящемуся к неизвестным парам структур, он не отличается от других алгоритмов.
«Эта модель не только спрогнозирует предстоящую конформацию белка в соответствии с его предыдущим состоянием, но и конформационное изменение после взаимодействия с молекулами лекарства, что дает нам возможность оценить эффект лекарства», – сказал Ли.
