Проверку неуплаты налогов ТНК в 2001–2003 году ДЭБ МВД начал проводить еще в конце 2007 года. Уже в этом году по материалам оперативников в отношении Семена Кукеса, занимавшего в 2001–2003 годах пост президента ТНК, было возбуждено уголовное дело по признакам состава преступления, предусмотренного ч. 2 ст. 199 УК (уклонение от уплаты налогов).
Это не первое уголовное дело в отношении ТНК и его дочерних структур. В частности, сейчас ведется расследование по факту неуплаты налогов компанией «Славнефть».