В августовском перевороте 1991 года Янаев сыграл одну из ключевых ролей. Некоторое время после августовского переворота 19 августа он исполнял обязанности президента СССР. Правда, должность эту он сохранил до 4 сентября, после чего был помещен в знаменитый следственный изолятор Москвы «Матросская тишина».
В 1994 году Геннадия Янаева освободили по амнистии Госдумы. Янаев долго и тяжело болел и накануне был госпитализирован.