В реестре осуществляется госрегистрация договоров водопользования, решений о предоставлении водных объектов в пользование, перехода прав и обязанностей по договорам водопользования, а также прекращения договора водопользования.
Реестр формируется и ведется в целях информационного обеспечения комплексного использования водных объектов, целевого использования водных объектов и их охраны, а также для планирования и разработки мероприятий по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий. Ведение реестра осуществляется Федеральным агентством водных ресурсов.