Охрану заповедной территории Алтайского заповедника обеспечивают 35 государственных инспекторов, в том числе 10 человек из оперативной группы. На одного инспектора приходится более 20 тысяч га труднопроходимой горно-таёжной местности без дорог. Это самый высокий показатель в Алтае-Саянском экорегионе.
Максимальное количество правонарушений за всю 80-летнюю историю Алтайского заповедника выявлено в 2009 году - тогда их было отмечено всего 109. В 2011 году в ходе охранных и рейдовых мероприятий составлено 83 протокола о нарушении заповедного режима. В том числе, было изъято нарезное оружие и рыболовные сети.
Совместные рейдовые мероприятия проводились в составе межведомственной антибраконьерской бригады, созданной в Республике Алтай в 2010 году на базе трёх служб: Комитета по охране и воспроизводству животного мира Республики Алтай, Алтайского заповедника, МВД Республики Алтай. Договоры между этими структурами были пролонгированы, также были заключены новые договора, в том числе с МЧС по Республике Алтай, администрацией Турочакского и Улаганского районов и главой Артыбашского сельского поселения, как сообщается на официальном Интернет портале Республики Алтай.
