Также оговаривается формирование подразделений комитета в регионах, военно-следственных управлений прокуратур. Таким образом, как говорят депутаты Госдумы, организационно разграничиваются следственные и надзорные функции Генпрокуратуры. Руководителя следственного комитета будет утверждать Совет Федерации по представлению президента РФ.
Следственному комитету будет предоставляться значительная степень организационной самостоятельности. На практике его создание будет способствовать повышению независимости органов предварительного расследования и большей процессуальной самостоятельности следователей.