В том, что основной версией случившегося считаются неправильные действия экипажа Ту-154, сообщалось еще в октябре 2006 года, когда стали известны результаты предварительного расследования. Однако против этой версии выступало руководство авиакомпании, заявлявшее, что в ходе собственного расследования им удалось установить, что причиной катастрофы была "совокупность факторов", а экипаж самолета не нарушал правил эксплуатации воздушного судна.
Эксперты МАК считают, что вина экипажа заключается уже в самом факте полета в грозу, запрещенном летными инструкциями. Летчики обязаны были отложить рейс, или облететь грозу, либо сесть на запасной аэродром.