Через несколько месяцев дело закрыто ГУВД Москвы, но 4 ноября 1999 года Моспрокуратура возобновила следствие. В ноябре 2000 года дело вновь прекращено. 27 мая 2002 года судебные приставы обвинили начальника Челябинского управления РФФИ Дмитрия Колчанова в незаконной передаче ОАО ЗМК 8,4 тыс. т арестованного металлопроката. Ущерб оценивался в 17,9 млн руб. Материалы в отношении господина Колчанова переданы в прокуратуру Челябинской области, однако о возбуждении дела не сообщалось.
В июне 2002 года Московская транспортная прокуратура предъявила обвинение в превышении полномочий начальнику Центрального межрегионального отделения РФФИ Александру Петрову. По данным следствия, в 2001 году он по заниженной цене реализовал конфискованный ширпотреб из Турции, Китая и Италии. 14 июля 2003 года Пресненский суд Москвы приговорил его к трем годам лишения свободы. 19 апреля 2005 года на повторном суде он был оправдан.
27 февраля 2004 года Генпрокуратура предъявила главе РФФИ Владимиру Малину обвинение в превышении полномочий и коммерческом подкупе. По данным следствия, в 2002 году он передал 20% акций ОАО "Апатит" Михаилу Ходорковскому* и Платону Лебедеву по вчетверо заниженной цене. 27 декабря 2005 года Замоскворецкий суд Москвы приговорил его к четырем годам условно.
В июне 2005 года прокуратура Ленобласти возбудила дело по факту мошенничества при организации торгов по продаже одной из местных овощебаз. Сотрудники РФФИ подозревались в продаже объекта по заниженной цене и организации фиктивных торгов. Официальное обвинение предъявлено не было, однако в причастности к скандалу подозревали главу Северо-Западного отделения РФФИ Григория Слабикова. Вскоре он ушел в отпуск, а в сентябре в отставку.
6 декабря 2005 года сотрудниками прокуратуры задержан начальник Волгоградского отделения РФФИ Алексей Колпокчи. Его обвиняют в преднамеренном банкротстве ЗАО "Нижняя Волга", которым он руководил до назначения в РФФИ. Чиновник полностью признал свою вину.
6 апреля 2006 года Камчатская облпрокуратура возбудила дело против главы регионального отделения РФФИ Александра Канчина. Он обвиняется в превышении должностных полномочий при незаконной продаже 5,7 т конфискованной рыбопродукции, что нанесло ущерб в 92,5 тыс. руб. В декабре 2005 года он уже отстранялся от должности "в связи с систематическими нарушениями", но восстановился через суд.
