Однако по данным украинских СМИ, А.Зинченко умер от рака. В 1999-2002 гг. А.Зинченко был лидером фракции объединенных социал-демократов. В мае 2002 года был избран вице-спикером парламента по квоте СДПУ (О). В 2003 г. А.Зинченко порвал с партией Виктора Медведчука. Осенью 2004 г. возглавил избирательный штаб тогдашнего кандидата в президенты Украины Виктора Ющенко.
После его победы на выборах в 2005 г. занял пост руководителя секретариата президента. Однако уже в сентябре со скандалом покинул секретариат. 11 февраля 2009 г. кабинет министров Юлии Тимошенко назначил А.Зинченко директором Национального космического агентства Украины. После прихода к власти правительства Николая Азарова 17 марта 2010г. ушел в отставку, сообщает РБК.