Раскопки велись в районе Старой Коптяковской дороги. Место поисков археологами было уставлено на основе секретного документа. В нем содержится подробное изложение рассказа Якова Юровского, руководившего расстрелом царской семьи.
Из документа следует, что было предпринято несколько неудачных попыток сокрытия останков расстрелянных. В итоге из 11 убитых девять были облиты серной кислотой и зарыты у дороги под мостиком из шпал в Поросенковом логе, а останки царевича Алексея и одной из княжон – сожжены на некотором расстоянии от основного захоронения, сброшены в яму и закопаны. Для дополнительной маскировки на месте сокрытия останков двух человек вновь развели костер.
След от этого костра помог археологам найти захоронение. В ходе дальнейших раскопок были найдены крупные костные останки, множество мелких фрагментов, зубы, осколки керамического сосуда для хранения серной кислоты, гвозди, части металлической оплетки деревянного ящика, а также пули разного калибра.
Обнаружили соответственно керамику, которая, судя по всему, является аналогичной той, что была найдена в основном захоронении и вскрыта в 1991 году. Но будут еще проводиться анализы и сравнение. Антропологи определили точно, что кости относятся к двум молодым индивидуумам: молодому человеку в возрасте 10–13 лет и девушки 18–23 лет.
Ученые считают, что дальнейшие исследования найденных останков должны проходить открыто, С доступом специалистов ко всем частям найденных скелетов и под наблюдением общественности. Также они подчеркивают необходимость участия представителей Русской православной церкви в проведении исследований.
Напомним, что в 1991 году останки членов императорской семьи были эксгумированы и отправлены на экспертизу в Великобританию и США. Образцы ДНК членов британской королевской семьи - последних из ныне живущих близких родственников Романовых - были использованы для доказательства того, что все растрелянные, кроме сына Алексея и одной из дочерей - Марии, были захоронены в Коптякове. В 1998 году останки из Ганиной Ямы перезахоронили в Санкт-Петербурге. А место на Коптяковском тракте сегодня можно узнать только по скромному кресту, возвышающемуся над кишащим комарами болотом, и брошенным к нему цветам.