Браудера обвиняют в совершении мошенничества в особо крупном размере (ч. 4 статьи 159 УК РФ). По данным МВД, с 1999 по 2004 год бизнесменом незаконным образом было приобретено более 131 миллиона акций «Газпрома» по внутрирыночной цене на сумму более двух миллиардов рублей. Сделки по покупке ценных бумаг проводились через аффилированные подставные компании, что позволило обойти запрет на покупку акций иностранными инвесторами без специального разрешения правительства РФ.
Информация о том, что Браудер объявлен в международный розыск по линии Интерпола, появлялась в СМИ еще в марте 2013 года. Однако позже в МВД эту информацию опровергли, заявив, что в международную организацию были переданы не официальные документы на розыск, а лишь просьба о содействии в установлении местонахождения Браудера. Между тем, специальная комиссия Интерпола, занимавшаяся анализом материалов данного дела, пришла к выводу, что преследование бизнесмена носит политический характер и помогать российским правоохранительным органам отказалась.
Тверской суд Москвы 11 июля 2013 года заочно приговорил Браудера к девяти годам колонии общего режима по делу о неуплате налогов на сумму более 522 миллионов рублей с помощью фальсификации налоговых деклараций. Браудера судили заочно, поскольку от явки в следственный орган он уклонялся, а в Великобритании и Северной Ирландии выдавать его отказались. Вместе с Браудером суд признал виновным юриста Hermitage Capital Сергея Магнитского, однако дело в отношении него было закрыто в связи со смертью обвиняемого.
Сергей Магнитский умер в СИЗО "Матросская тишина" после года пребывания под стражей. Аудитор компании Firestone Duncan обвинялся в том, что помогал главе инвестфонда Hermitage Capital Уильяму Браудеру в разработке схем по уклонению от уплаты налогов.
Коллеги Магнитского и сотрудники Hermitage Capital со своей стороны утверждают, что аудитор оказался в тюрьме после того, как им было раскрыто крупное хищение бюджетных денег. Они утверждают, что хищение осуществили коррумпированные чиновники, похитившие печати и уставные документы "дочек" Hermitage Capital. С их помощью им якобы удалось украсть более пяти миллиардов рублей в виде ошибочно заплаченных налогов.
