После окончания войны боролся с преступностью на посту начальника отдела уголовного розыска и начальника транспортной милиции Латвийской ССР. Неблагодарность Латвии к людям, освободившим их от фашистов, наглядно можно увидеть на примере судебных преследований, которые обрушились на Василия Кононова.
Долгие годы Кононов судился с Латвией, которая обвиняла его в военных преступлениях. По мнению латвийского суда, Кононов участвовал в карательной акции, в ходе которой в местечке Малые Баты летом 1944 года были расстреляны 9 мирных жителей. По утверждению ветерана, все они были пособниками фашистов.
В 1998 году его арестовали по обвинению в военных преступлениях, Кононов находился под стражей до 2000 года и был приговорен судом к 1,5 годам лишения свободы. В июне 2008 года Страсбургский суд выступил на стороне Кононова, а в мае 2010 г., рассмотрев апелляцию, - на стороне Латвии. В ноябре 2010 года суд принял к производству прошение о пересмотре дела. Основанием стали рассекреченные данные российских архивов о военных действиях на территории Латвии в ходе Второй мировой войны. В результате после долгих разбирательств в 2008 году решением Страсбургского суда по иску ветерана к латвийской юстиции власти Латвии должны были выплатить ему 30 тысяч евро «в качестве компенсации за моральный ущерб».
С 2000 года Василий Кононов стал гражданином России, однако до сих пор жил в Риге. Василий Кононов был награждён государственными наградами СССР, в том числе Орденом Ленина, сообщает ИТАР-ТАСС.
