Основная цель протокола - развитие правоохранительного сотрудничества между таможенными и пограничными службами СНГ, интенсификация обмена правоохранительной информацией.
Протокол предусматривает регулярный обмен информационно-аналитическими материалами по борьбе с незаконным перемещением через границы оружия, боеприпасов, взрывчатых, радиоактивных, отравляющих, наркотических средств и психотропных веществ, других предметов и грузов, запрещенных к ввозу и вывозу национальным законодательством государств Содружества, а также информацией о новых маршрутах контрабанды и способах ее сокрытия, обстановке на внешних границах государств-участников СНГ и борьбе с организованной преступностью.