В обоих чтениях за документ проголосовали 331 человек, против — 107, один человек воздержался. Против закона выступала фракция КПРФ.
Ко второму чтению депутатами были одобрены почти 30 поправок. Согласно этим поправкам, в ведение специального федерального агентства по управлению имуществом были переданы все научные институты, кроме институтов региональных отделений РАН — Уральского, Сибирского и Дальневосточного.
Директоров институтов, которые были избраны коллективом, будет утверждать агентство по предложению коллективов. Перед выбором кандидатуры необходимо будет согласовывать с президиумом Академии и с комиссией по кадровым вопросам совета при президенте по науке. Само же агентство будет подчиняться напрямую правительству, а не Министерству образования и науки, как предполагалось изначально.
Также в число принятых поправок вошло ограничение вмешательства в научно-исследовательскую работу РАН государственной власти и закрепление функций, связанных с фундаментальными исследованиями.
На акцию протеста (формально она выглядела как встреча с депутатом от КПРФ, не требующая согласования) у здания Госдумы собрались, по данным ГУ МВД по Москве, порядка 200 ученых, которые выступали против принятия законопроекта. Наибольшую критику вызвало положение закона, которое предполагает передачу научных институтов федеральному агентству, которое в итоге было лишь частично изменено. Кроме того, ученые требовали, чтобы за региональными институтами оставили статус юридических лиц (это предложение было одобрено) и закрепить законодательно совмещение должностей главы федерального агентства и президента РАН (это предложение в закон не вошло).
Вечером, когда основная масса протестующих уже разошлась, оставшиеся активисты кричали выходящим депутатам "Позор!", полицейские вытесняли протестующих в сторону станции метро «Охотный ряд».
Оказывавшие сопротивление участники акции задерживались. Известно, что задержаны двое молодых людей, которые принесли макет надгробия и траурный венок, символизирующие "смерть российской науки".
Всего на несогласованную акцию протеста пришли, по данным московской полиции, около 200 человек. Участники митинга оценивают свою численность в более чем тысячу человек.
Накануне, 17 сентября, ученые также устроили у Госдумы акцию протеста. Мероприятие, в котором, по данным МВД, приняли участие около 150 человек, завершилось без происшествий.
В Госдуму законопроект о реформе государственных академий, предполагающий слияние РАН, РАМН и РАСХН, был внесен правительством в июне. Вскоре депутаты приняли его в первом и втором чтении, однако 17 сентября документ был возвращен во второе чтение.
Ранее академики разработали ряд поправок к закону о реформе РАН. Президент Российской академии наук Владимир Фортов, незадолго до утверждения в должности, встретился с Владимиром Путиным. На встрече обсуждался законопроект о реформе государственных академий, вызвавший резкую критику со стороны ученых, в том числе со стороны руководства РАН. В ходе встречи глава государства предложил Фортову взять на себя обязанности руководителя не только Академии, но и — на переходный период — специального федерального органа исполнительной власти, который появиться в процессе реформирования и будет заниматься управлением имуществом госакадемий (его условное название — «Агентство научных институтов РАН»).
По итогам встречи Путиным был предложен ряд поправок к законопроекту о реформе. По мнению Фортова, эти поправки позволят добиться компромисса между учеными и авторами документа. В итоге во втором чтении, которое прошло 5 июля, законопроект был принят с рядом изменений. В частности, из него было удалено понятие ликвидации (РАН, РАСХН и РАМН в случае принятия документа будут объединены в течение трех лет), а научные институты вернули в ведение Академии (изначальный вариант документа предполагал их передачу специальному агентству).
"Ситуация развернулась на 180 градусов. И сейчас выглядит она так — прошло два чтения, и в двух этих чтениях фактически был разработан и принят совсем другой законопроект, который ликвидацию РАН не предполагает, были приняты важные вещи, связанные с собственностью. Теперь РАН это не клуб по интересам, а организация для проведения исследований", — прокомментировал изменения в документе с первого чтения ко второму Фортов. По его мнению, реформа вышла "в цивилизованное русло".
Главой РАН Владимир Фортов был избран 29 мая на заседании Общего собрания Академии. До этого он был выдвинут рядом отделений и рекомендован к избранию президиумом РАН. Соперниками Фортова были вице-президенты Академии Жорес Алферов и Александр Некипелов. До Фортова в течение 22 лет РАН возглавлял Юрий Осипов.