Тарифы в адрес погранпереходов были оставлены на уровне 2006 года. Ранее сообщалось, что ФСТ планирует выравнивать тарифы между портами и погранпереходами до 2009 года. Сокращение разницы между тарифами проходит в рамках подготовки к вступлению России в ВТО. На сегодняшний день разница между данными видами тарифов составляет примерно 1,75 раза. Политика дифференцированной индексации железнодорожных тарифов начала применяться с 2005 года.
К 2009 году, по подсчетам ФСТ, разница между тарифами на порты и погранпереходы составит 12% в пользу портов. В 2009 году служба рассчитывает проиндексировать тарифы в целом на 4,7%.
Более того, правление приняло решение об увеличении с 2007 г. "вагонной составляющей" в тарифе при перевозке грузов в частных полувагонах на 30%.
