Однако, Следственный комитет и прокуратура неоднократно сообщали о том, что готовится возбудить в отношении начальника московского метро уголовное дело, однако, до сих пор не была известна статья и формулировка, по которой правоохранительные органы будут обвинять Гаева.
В середине февраля Генпрокуратура направила в СК при МВД России материалы проверки, в ходе которой были выявлены многочисленные нарушения.
Согласно выводам Генпрокуратуры, «Гаев создал систему личного обогащения за счет возглавляемой им организации» в результате чего Московскому метрополитену и правительству Москвы был причинен ущерб на сумму свыше 112 миллионов рублей.
Генпрокуратура обнаружила, что руководство метрополитена незаконно сдавало в аренду помещения, скрывало происшествия в метро, а также необоснованно завышало цены на проездные билеты, сообщает «Интерфакс».
Также Гаев подозревается в незаконном получении патента на изобретение автоматизированной системы оплаты проезда. «В качестве руководителя предприятия Гаев с целью извлечения личной выгоды за счет государственных средств направил 16 января 1998 г. заявку, а затем получил патент на изобретение «Автоматизированной системы оплаты проезда и проверки проездных документов на транспорте», - сказала она. В дальнейшем, «используя служебное положение, Гаев заключил с ГУП «Московский метрополитен» лицензионный договор на использование этой системы». «В период с 1999 по 2010 годы Гаев получил в качестве вознаграждения 112 млн рублей. При этом 12 из них были получены первоначально и затем по 10 - ежегодно», - сообщила официальный представитель СК РФ Ирина Дудукина. Таким образом, по ее словам, государству был причинен ущерб 112 млн рублей.
14 декабря 2010 года официальный представитель Генпрокуратуры РФ Марина Гриднева сообщила, что ведомство выявило нарушения со стороны руководства московского метрополитена, и предложила мэру Москвы Сергею Собянину рассмотреть вопрос об увольнении Гаева.
Седьмого февраля пресс-секретарь мэра Москвы Гульнара Пенькова сообщила журналистам, что Гаев освобожден от занимаемой должности по собственной инициативе. Кроме того, распоряжением правительства Москвы начальником ГУП «Московский метрополитен» назначен Иван Беседин, с ним заключен трудовой контракт на 5 лет.
