В заявлении моджахедов говорится, что этот теракт был осуществлен в рамках операции по нанесению ударов по стратегическим объектам на территории России. Исходя из опубликованного, боевики действовали по приказу Доку Умарова.
По словам боевиков, взрыв был организован «специальной диверсионной группой». Они пообещали, что подобные теракты будут совершаться до тех пор, «пока оккупанты на Кавказе не прекратят свою политику убийств простых мусульман чисто по религиозному признаку».
В заявлении приводятся отличающиеся от официальных данные по погибшим - сепаратисты сообщают о более чем 30 погибших и не менее 80 раненых (официальные данные - 26 погибших). При этом в том же заявлении говорится, что боевики будут стараться избегать жертв среди невооруженного населения России.
Заявление боевиков об ответственности за теракт стало не первым после взрыва поезда. Вскоре после произошедшего на одном из сайтов националистов было опубликовано заявление малоизвестной группировки Combat 18-Невоград, которая сообщала о том, что поезд взорвали активисты этой организации. Эксперты ставили правдивость этого заявления под сомнение.
Ранее стало известно, что по подозрению в причастности к взрыву следствие разыскивает нескольких человек, в том числе, четырех кавказцев. Кроме того, звучали предположения, что к теракту может быть причастен «русский ваххабит» Павел Косолапов - бывший военнослужащий, вставший на сторону боевиков.
Косолапов объявлен в розыск - его заочно обвинили в совершении первого подрыва «Невского экспресса», произошедшего в 2007 году. Организатором того взрыва прокуратура считает Умарова. Вместе с тем, возможная причастность Косолапова к последнему теракту официально не подтверждалась.
Поезд №166 «Невский экспресс», следовавший по маршруту Москва - Санкт-Петербург, был подорван вечером 27 ноября недалеко от Бологого при помощи самодельной бомбы. Произошедшее было признано терактом.
На следующий после ЧП день на место взрыва прибыла группа следователей из Москвы во главе с руководителем СКП Александром Бастрыкиным. Во время следственных действий произошел второй взрыв, в результате которого Бастрыкин получил черепно-мозговую травму. Позже это также классифицировали как теракт и объединили с делом о первом взрыве. При этом Бастрыкин пострадавшим признан не был.