Быханова настаивала на закрытом характере заседания, поскольку в его ходе предполагала оглашать сведения, подтверждающие невиновность бывшего владельца ЮКОСа. Эти данные не подлежат публичной огласке, и адвокат дала соответствующую подписку, пояснила Быханова. Однако судья сочла ее аргументы недостаточными, и ходатайство было отклонено. Сторона обвинения настаивала на законности ранее вынесенного судом первой инстанции решения о заочном аресте Ходорковского.
Представитель надзорного ведомства напомнил об имеющихся в распоряжении следствия свидетельских показаниях, в которых говорится об участии Ходорковского в организации заказных убийств городского головы Нефтеюганска Владимира Петухова, а также бизнесмена Евгения Рыбина. Косвенным подтверждением виновности Ходорковского в прокуратуре также считают обстоятельства осуждения в 2007 году экс-работника службы безопасности нефтяного гиганта Алексея Пичугина, вина которого в убийствах была признана доказанной. Несмотря на то, что заказчиком преступлений суд тогда признал экс-компаньона Ходорковского Леонида Невзлина**, сторона обвинения настаивает, что Невзлин не мог давать распоряжения Пичугину без одобрения со стороны Ходорковского.
Государственный обвинитель также напомнил, что основанием для заочного ареста экс-владельца ЮКОСа стала его неявка по повестке, выписанной следователем СК, а также утаивание отцом Ходорковского сведений о месте пребывания разыскиваемого. В свою очередь, Быханова заявила, что ее подзащитный скрывается от следствия в силу недоверия к российским правоохранителям. Адвокат заявила о необоснованности нового дела против Ходорковского и выразила убеждение в его невиновности.
Быханова утверждает, что все показания, которые следствие трактует как доказательства вины Ходорковского в убийстве Петухова, основаны на слухах и домыслах. Сделавшие их люди сейчас пребывают в местах лишения свободы, а суть показаний заключается в том, что они некогда слышали чье-то мнение о том, что Ходорковский был замешан в данном убийстве, пояснила адвокат. Однако позицию защиты суд отверг, подтвердив законность заочно избранной судом первой инстанции меры пресечения для Ходорковского.