Николаев обвиняется в том, что незаконно пользовался государственной охраной и передвигался по городу с эскортом ГИБДД, хотя это не положено ему по статусу. Следствие установило, что охранялся опечатанный чемоданчик-дипломат, который Николаев возил с собой. При осмотре в дипломате обнаружены повседневные рабочие документы, явно не нуждающиеся в постоянной вооруженной охране. Также, по данным следствия, Владимир Николаев под видом обеспечения безопасности дорожного движения организовал ежедневное сопровождение его по городу в колонне автомашин сотрудниками ГИБДД УВД Владивостока.
Кроме того, он передал в пользование частным лицам четыре участка земли, которыми не имел полномочий распоряжаться (они находились в федеральной собственности). Обвинения мэру Владивостока предъявлены по части 2 статьи 285 (злоупотребление должностными полномочиями) и части 2 статьи 286 (превышение должностных полномочий) УК РФ. Ему грозит до семи лет лишения свободы. В феврале 2007 года Николаев был временно отстранен от должности мэра Владивостока.
По какому именно эпизоду Николаев признал свою вину, пока неизвестно. По словам его адвоката, градоначальник может признать свою вину и по другим эпизодам. В таком случае защита намерена просить рассматривать его дела в особом, ускоренном порядке. Если же Николаев не согласится с обвинительной частью, то процесс может затянуться.
Ранее мэр на судебных слушаниях о продлении ему срока содержания под стражей неоднократно заявлял, что не признает себя виновным и никаких законов не нарушал.