Ранее Фортов дал свое согласие на то, чтобы возглавить агентство, которое будет управлять имуществом РАН после реформы.
Незадолго до утверждения Фортова в должности, 4 июля, состоялась его встреча с Путиным на которой обсуждался законопроект о реформе государственных академий, в изначальном виде предусматривавший ликвидацию РАН, Российской академии медицинских наук и академии сельскохозяйственных наук и вызвавший резкую критику со стороны ученых, в том числе со стороны руководства РАН. В ходе встречи глава государства предложил Фортову взять на себя обязанности руководителя не только Академии, но и — на переходный период — специального федерального органа исполнительной власти, который появиться в процессе реформирования и будет заниматься управлением имуществом госакадемий (его условное название — «Агентство научных институтов РАН»).
По итогам встречи Путиным был предложен ряд поправок к законопроекту о реформе. По мнению Фортова, эти поправки позволят добиться компромисса между учеными и авторами документа. В итоге во втором чтении, которое прошло 5 июля, законопроект был принят с рядом изменений. В частности, из него было удалено понятие ликвидации (РАН, РАСХН и РАМН в случае принятия документа будут объединены в течение трех лет), а научные институты вернули в ведение Академии (изначальный вариант документа предполагал их передачу специальному агентству).
«Ситуация развернулась на 180 градусов. И сейчас выглядит она так — прошло два чтения, и в двух этих чтениях фактически был разработан и принят совсем другой законопроект, который ликвидацию РАН не предполагает, были приняты важные вещи, связанные с собственностью. Теперь РАН это не клуб по интересам, а организация для проведения исследований», — прокомментировал изменения в документе с первого чтения ко второму Фортов. По его мнению, реформа вышла «в цивилизованное русло».
Главой РАН Владимир Фортов был избран 29 мая на заседании Общего собрания Академии. До этого он был выдвинут рядом отделений и рекомендован к избранию президиумом РАН. Соперниками Фортова были вице-президенты Академии Жорес Алферов и Александр Некипелов. До Фортова в течение 22 лет РАН возглавлял Юрий Осипов.
