Обвинение предъявлено трем лицам - Сергею Хаджикурбанову, Джабраилу и Ибрагиму Махмудовым. Еще одному фигуранту - Павлу Рягузову - предъявлено обвинение в совершении ранее совместно с С.Хаджикурбановым преступлений, предусмотренных статьей 286 и статьей 163 УК РФ (превышение должностных полномочий и вымогательство). По словам Маркина, в ходе следствия была установлена непричастность ряда фигурантов к убийству Политковской, в связи с чем уголовное преследование в отношении этих лиц прекращено.
В отдельное производство выделено уголовное дело в отношении непосредственного исполнителя убийства Рустама Махмудова и других лиц.