Убийцы до сих пор не названы.
В Москве в согласованном с властями пикете приняли участие около 100 человек. Один из организаторов акции, председатель организации «Мемориал»* Александр Черкасов указал, что убийство Политковской расследуется неэффективно. Во многих странах Запада также произошли мемориальные мероприятия. Спикер Госдепартамента США Виктория Нуланд заявила, что ее страна будет обращать внимание на это убийство, пока виновные не будут наказаны.
По мнению руководителя Главного следственного управления Следственного комитета при прокуратуре России Дмитрия Довгия, заказчиком убийства Политковской был Борис Березовский, осуществивший свой замысел с помощью чеченского преступного «авторитета» Хож-Ахмеда Нухаева. По словам Довгия, убийство связано не со статьями Политковской, а с её личностью: "Организаторы хотели показать, что у нас средь бела дня могут убивать известных людей, что правоохранительные органы якобы не в состоянии раскрывать такие дела. МВД и мы опровергли это. Вот она такая яркая, находится в оппозиции к действующей власти, встречалась с Березовским — вот её и убили. Не верили, что мы так достаточно быстро раскроем это преступление."
По версии следствия, организатором преступной группы являлся один из лидеров «лазанской» группировки Магомед Димельханов. К последнему весной 2006 года поступил заказ на убийство Политковской, поскольку к журналистке имели «серьёзные претензии большие люди в Чечне». Выполнение заказа было поручено братьям Махмудовым, которые привлекли к делу рыночного торговца и шофёра банды Ахмеда Исаева. Пытаясь установить адрес Политковской, преступники обратились к бывшему оперативному сотруднику этнического отдела РУБОП Сергею Хаджикурбанову, который свёл их с подполковником Павлом Рягузовым, работавшим в отделе ФСБ по Центральному административному округу Москвы, на территории которого проживала Политковская. Рягузов определил по базе данных ФСБ и передал адрес Политковской бывшему главе Ачхой-Мартановского района Чеченской Республики Шамилю Бураеву. Рягузов также снабжал банду информацией о её телефонных переговорах. Кроме того, Хаджикурбанов организовал слежку за Политковской, обратившись за помощью к сотрудникам оперативно-поискового управления ГУВД Москвы Дмитрию Лебедеву, Дмитрию Грачёву и Олегу Алимову. К делу был также привлечён бывший милиционер, работавший в ЧОПе, Алексей Беркин. По сведениям газеты "Время новостей", все представители силовых структур, проходящие по делу об убийстве Политковской, "не знали, о чем именно идет речь, не были знакомы с киллером и заказчиком и выполнили за деньги левую работу".