Вначале региональный совет Московского отделения «Яблока» заявил, что считает серьезной политической ошибкой участие членов партии в заседании «Национальной ассамблеи».
Официальная партийная оценка состоявшегося в конце мая мероприятия была весьма жесткой. «Участники ассамблеи демонстрируют еще большее презрение к демократическим процедурам, чем действующая власть. Претензии и амбиции общенационального масштаба формулируются людьми, не избранными народом России, т. е. фактически являющимися самозванцами», - подчеркивается в заявлении столичных «яблочников». - Среди участников и в составе руководящих органов ассамблеи в изобилии представлены национал-большевики, сталинисты, националисты и антисемиты, неоднократно публично проявлявшие своих человеконенавистнические взгляды и от них не отказавшиеся. Все это – силы, стремящиеся возродить различные версии тоталитаризма и использующие демократические лозунги и некоторых недальновидных демократов в сиюминутных тактических целях».
По мнению столичных «яблочников», «все это подрывает доверие к оппозиции в России у граждан, сохранивших демократические убеждения. Сознательно или по недомыслию дискредитируются демократические организации, к которым принадлежат члены ассамблеи, т.к. заявление об участии в «личном качестве» противоречит постоянным упоминаниям о партийном статусе участников».
Вывод из всего сказанного однозначный: участие членов партии «Яблоко» в деятельности так называемой «Национальной ассамблеи» и участие в ее руководящих органах нанесло серьезный политический ущерб партии.
Лидер «Яблока» Григорий Явлинский на следующий день, выступая на заседании бюро партии, также заявил о том, что, «когда очевидно нарушаются решения съездов, конференций и бюро партии по вопросам о невозможности сотрудничества членов «Яблока» с националистами, сталинистами» - это несовместимые позиции политики партии и ее членов. «Нельзя с утра быть в «Яблоке», а вечером заседать с националистами и сталинистами и создавать с ними общие организации», - подчеркнул Явлинский. Предполагается, что предстоящий съезд обсудит эту проблему и примет соответствующие решения. В связи с этим один из известных партийных функционеров Сергей Митрохин заявил, что от того, чью сторону займет съезд, зависит не только будущее «Яблока», но, возможно, и всего демократического движения.
С Григорием Явлинским согласен лидер челябинской региональной организации Александр Кузнецов. По его мнению, постоянное «втаскивание партии в бессмысленные политические имитации типа различных ассамблей и других тусовок одних и тех же персонажей напоминает игры в настольный хоккей ничего не имеющий общего с реальной жизнью, политикой борьбы за политические права и насущные социальные интересы граждан страны». По его мнению, вся эта суета повторит судьбу печально знаменитого Комитета 2008, Гражданского конгресса, и прочее. Но это вредно, так как отвлекает от серьезной политической работы.
Политическое кредо руководства партии сформулировал первый заместитель председателя «Яблока» Сергей Иваненко. «Есть ключевые позиции, которые с момента основания партии «Яблока» являются базовыми принципами ее существования и критериями для членства в ней: антиолигархическая, антисталинистская, антинационалистическая позиция», - заявил он.