Баринов был задержан 22 мая 2006 года, через день суд принял решение о его аресте, а затем, по представлению Генпрокуратуры Владимир Путин отрешил Баринова от должности главы администрации НАО в связи с утратой доверия. Предварительные слушания по делу Баринова состоялись 21 марта 2007 года, а рассмотрение дела по существу началось в Октябрьском суде Архангельска 2 апреля 2007 года.
Материалы уголовного дела Баринова составляют 75 томов. Бывший губернатор обвиняется в превышении служебных полномочий, нецелевом расходовании бюджетных средств в особо крупном размере и хищении вверенного имущества организованной группой в крупном размере (часть 2 статьи 286, пункт «б», часть 2 статьи 285-1, пункты «а», «б», часть 3 статьи 160 УК РФ).
В деле фигурируют также заместители Баринова, когда последний был гендиректором ОАО «Архангельскгеолдобыча». Сергея Горяева и главного бухгалтера этого предприятия Сергея Гаврилова обвинение просит приговорить к девяти и семи годам лишения свободы.
Как пояснили в прокуратуре Архангельской области, условно обвинение делится на две части. Первая часть - это 12 эпизодов хищения имущества ОАО «Архангельскгеолдобыча» и связанная с этим легализация похищенного, произошедшие в период с 1999 по 2003 годы, в том числе пять эпизодов в составе организованной преступной группы, к которой обвинение относит Баринова, Горяева и Гаврилова. С их участием Баринов, по версии следствия, совершил хищение на общую сумму более 82 млн. рублей.
Ко второй части обвинения относятся эпизоды, которые вменяются Баринову в его бытность губернатором HАО с апреля 2005 по начало 2006 года, связанные с превышением должностных полномочий и нецелевым расходованием бюджетных средств. Сам обвиняемый не признает себя виновным ни по одному из предъявленных пунктов.
Между прочим, по данным СМИ, Баринов пострадал за то, что обошел на губернаторских выборах кандидата от «Роснефти», По слухам, Баринов вовремя не внял мудрому совету не увлекаться выборами, и его тогда предупредили, что победы ему не простят. Ведь, по информации СМИ, вошедшая в «Роснефть» «Северная нефть» должна была заплатить округу 300 млн. долларов, и эти деньги, разумеется, должны были «приватизировать» свои люди, а не какой-то Баринов.
