Бюджет благотворительного фонда Российского еврейского конгресса формируется как за счет частных пожертвований, так и за счет взносов крупного бизнеса. В свою очередь, благотворительный фонд финансирует социальные, культурные и образовательные программы Российского еврейского конгресса.
По сведениям источника, знакомого с деятельностью благотворительного фонда РЕК, нарушения в деятельности фонда начались с приходом к управлению организацией в 2009 году Юрия Каннера. В частности, прекратилась деятельность ревизионной комиссии, которая ежегодно готовила финансовый отчет по деятельности фонда, в организации начали вести двойную бухгалтерию. В результате этого, отраженный в общедоступном финансовом отчете бюджет фонда оказался в два раза больше бюджета, отраженного во внутренней бухгалтерии фонда. По официальным данным, в 2011 году доходы фонда составили $8,72 млн, расходы - $8,6 млн. Данные внутренней бухгалтерской отчетности за 2011 год свидетельствуют о доходах фонда на сумму $4,4 млн и расходах на $5,05 млн. Таким образом, бюджет фонда не является бездефицитным, а значительная часть средств, проходящих через фонд, не отражается в официальной финансовой отчетности. По утверждению анонимного источника, на протяжении нескольких лет наличные благотворительные пожертвования не проходят через кассу благотворительного фонда и также не учитываются в отчетных документах.
Помимо махинаций с финансовой отчётностью, анонимный источник указывает на существование конфликта интересов в РЕК. Юрий Каннер якобы использует свое положение президента РЕК для заключения невыгодных контрактов от лица конгресса с подконтрольными коммерческими организациями. В частности, договор на аренду офиса РЕК заключен президентом РЕК с подконтрольной ему компанией «Политех-4», при этом арендная ставка завышена. Другой коммерческой компании – «ДизайнОтделСтройСервис», основным учредителем которой также является Юрий Каннер - в свое время достался контракт на разработку предпроектной документации по строительству в Большом Спасоглинищевском переулке Московского еврейского общественно-культурного центра. Предпроектная документация не была разработана, строительство так и не было начало, а долг «ДизайнОтделСтройСервиса» перед РЕК к настоящему моменту превышает 5 млн. рублей. При этом руководство конгресса не предпринимает действий по взысканию задолженности.
По сведениям официального сайта РЕК, бизнесмен Юрий Каннер принимает участие в ряде благотворительных и мемориальных проектов и программ, является руководителем проектов "Вернуть достоинство" и "Бабьи Яры России", в рамках которых ведется работа по исследованию мест массовых захоронений евреев, уничтоженных нацистами в годы Великой Отечественной войны. Каннер входит в состав попечительского совета Московской еврейской религиозной общины, в ведении которой находится Большая Хоральная синагога Москвы.
О реакции крупнейших жертвователей благотворительного фонда РЕК, среди которых многочисленные члены списка журнала Forbes, крупнейшие российские промышленники и предприниматели еврейского происхождения, пока ничего не известно.
