Под арестом Бойко находится с мая 2013 года. Он обвиняется в хулиганстве со стрельбой, инцидент произошел в кафе в мае 2013 года. По версии следствия, 11 мая Бойко, обнаружив утром пропажу наручных часов, кольца и других личных вещей, вернулся в кафе, где он отдыхал накануне, с охотничьим ружьем и начал угрожать персоналу и требовать свои вещи.
Срок его ареста не раз продливался, поскольку дознанию было необходимо время для проведения ряда следственных действий и получения результатов экспертиз.
Свою просьбу к суду об изменении меры пресечения на домашний арест Бойко обосновал тем, что на иждивении у него находится 75-летняя мать, являющаяся инвалидом второй группы. Пожилой женщине ежедневно звонят коллекторы из-за взятых сыном кредитов, сообщил представитель защиты. Как подчеркивает обвиняемый, он не собирается скрываться и не имеет такой возможности.
Во время заседания в пятницу защитник Бойко Анна Мюррей заявила ходатайство о прекращении уголовного преследования в связи с постановлением Госдумы об амнистии. В ходатайстве об амнистии Мюррей указала, что 27 декабря истек испытательный срок его условного осуждения. Кроме того, Бойко является пенсионером органов внутренних дел, награжден боевыми наградами за служебные командировки на Северный Кавказ.
В 2012 году Бойко был признан судом виновным в применении силы во время разгона правоохранителями несанкционированной акции оппозиции. В июле 2010 года он нанес одному из митингующих удар резиновой дубинкой по голове. Задержание Дмитрия Семенова, впоследствии признанного потерпевшим по делу, было заснято на видео и выложено в Интернет. Позже блогеры прозвали Бойко "жемчужным прапорщиком" из-за пластиковых четок, висевших на его запястье. Разглядевшие их активисты интернет-сообщества приняли четки за жемчужный браслет. Осенью 2010 года Следственным комитетом в отношении стража порядка было возбуждено уголовное дело по статье 286 УК РФ "Превышение должностных полномочий". Бойко вину в суде не признал.
