Ранее парламентарий был обвинен в том, что из 10 лекций, которые были оплачены из средств "Сколково", качественно им была проведена лишь одна. Депутат, со своей сторона, заявляет, что порученную ему работу выполнил в полном объеме. В своём блоге Пономарев сообщил, что намерен обжаловать принятое Мосгорсудом решение в Верховном суде.
Фонд "Сколково" подал иск к Пономареву в середине апреля. Как говорилось в исковом заявление, старший вице-президент фонда Алексей Бельтюков заключил с Пономаревым договор на проведение 10 лекций, однако депутат качественно провел из них лишь одну.
Оставшиеся же девять лекций депутата, по мнению фонда, не отвечали заявленным критериям. В фонде утверждали, что четыре раза Пономарев выступал с докладом, тема которого не соответствовала заявленной, а один раз и вовсе ограничился лишь вступительным словом. Помимо этого сообщалось, что Пономарев в своем отчете завышал число посетивших его лекции слушателей, а также выступал с критикой в адрес самого фонда, заявляя, что не пришел бы туда в качестве инвестора, "потому что там есть некомпетентные люди". В суде Пономарев иск не признал, заявив, что свою работу он выполнил в полном объеме и качественно.
Пономарев со своей стороны пояснил, что полученные им деньги были гонораром за серию семинаров, лекций и конференций, на которых он рассказывал о том, что происходит в нашей стране с точки зрения инновационной экосистемы. При этом парламентарий подчеркнул, что на основе его работы, которая была проделана в рамках подготовки к лекциям, вносились поправки в законодательство и готовились аналитические отчеты. Он также считает, что именно благодаря его работе фонду удалось привлечь более 850 резидентов из разных стран мира, отметив, что его работа обошлась "Сколково" в 10 раз дешевле, "чем за нее заплатил бы какой-нибудь Ernst & Young".
Представитель Следственного комитета России Владимир Маркин заявил, что в рамках расследования дела о хищении денег фонда "Сколково" в отношении Пономарева будет возбуждено уголовное дело. Маркин также добавил, что намерен добиваться того, чтобы Пономарена лишили депутатской неприкосновенности. По данным СК, Бельтюков, в отношении которого ведомством возбуждено уголовное дело о растрате, незаконно передал Пономареву 750 тысяч долларов из средств фонда, эта транзакция была завуалирована оплатой лекций и научной работы.